22 января 1922 года Преосвященнейшим Никанором (Кудрявцевым) состоялась хиротония Сергия во диакона.

26 ноября 1937 года, по обвинению в контрреволюционной агитации, диакон Сергий арестован вместе с духовенством Церкви Вознесения Господня в Обухово.

1 декабря 1937 года тройка при НКВД СССР, по обвинению в "контрреволюционной деятельности", приговорила его к 8 годам исправительно-трудовых лагерей. Виновным отец Сергий себя не признал. Заключение отец Сергий отбывал в городе Свободный в Амурской области, в Байкало-Амурском исправительно-трудовом лагере (Бамлаг - подразделение ГУЛАГ НКВД СССР; задачей Бамлага с момента его создания стало развитие Транссибирской железной дороги, строительство Байкало-Амурской магистрали (БАМ), строительство вторых путей на Забайкальской и Уссурийской железных дорогах). Заключённые расчищали просеки, вели земляные работы, насыпали полотно, рубили лес и делали шпалы, строили мосты.